長福寺本堂は上町通りに向かって西面して建ち、桁行9間（正面通り7間）梁間8間の、入母屋造・本瓦葺で、正面に向拝1間、北側面と背面には下屋を設け、正面側三方に落縁を廻しています。本堂前の燈籠は、元禄13年（1700年）に中村氏により寄進されたものです。

　本堂の建築年代は、記録から寛文9年（1669年）とされていましたが、今回の解体調査により、外陣中央間仕切り部分に存する蓑束上部の実肘木から「寛文八年六月豊後之國日田郡友田村ノ住人(後)藤作之丞作之」の墨書が発見され、寛文期に建てられた事が明らかとなりました。

　長福寺本堂の御本尊は、14世紀後半の作といわれる木造阿弥陀如来立像で、他に寛永元年（1624年）の親鸞聖人御影、寛永8年（1631年）の蓮如・七高僧・聖徳太子御影を奉安しています。また、両余間壇には、寛文当初の蓮池図が描かれています。両余間側面の襖絵は、いずれも日田市出身の日本画家の手によるもので、左余間には岩澤重夫氏（日本芸術院会員）の「大心海」、右余間には木下章氏（京都芸大名誉教授）の「白木蓮富貴花図」が描かれ、両余間内外陣境にある馬場良治氏（建造物彩色選定保存技術保持者）の襖絵「杉林図」とともに、堂内の荘厳を一層際立たせています。

　長福寺本堂は、九州最古の真宗寺院本堂として、建立当初の姿をよく伝える貴重な建物であることが評価され、平成7年（1995年）に大分県指定有形文化財に指定されました。その後、経年の劣化から柱が著しく傾斜し、瓦の破損、小屋組の緩みや腐朽などが急速に進んだため、（有）夢和詩生伝統建築研究所の設計管理、（株）奥谷組の施工により、大分県、日田市、文化財保護・芸術研究助成財団の助成を受けて、平成14年度（2002年度）から4年度にわたる平成の保存修理工事が行われました。

　保存修理中の調査により、建立後の本堂は、親鸞聖人や蓮如上人の御遠忌にあわせ、下記の通り6期にわたって平面・内外観が変化していったことが判りました。これらの改変は、真宗寺院の宗教作法の変化に伴い、間取りを改変していったものと考えられます。

　今回の保存修理にあたっては、専門家、行政担当者、寺役員らで構成された専門委員会で修理方針の検討を重ね、その結果、長福寺本堂は寛文当初の形式を基本としつつ、堂内の荘厳が整った享保期に復元されています。